1、茶树基因型与表型关联建模技术规范TSDTS 002-2025讲解了面向茶树遗传育种研究的标准化建模全流程技术体系，涵盖从高通量测序数据获取到候选基因功能验证的完整闭环。该规范明确了基因型与表型的核心定义，系统规定了基因型数据质量控制、参考基因组比对、变异检测与缺失填补的技术参数与工具组合；规范了表型数据的标准化处理方法，包括归一化策略、BLUP环境误差校正及PCA/MDS异常值剔除流程；提出了基于PCA、MDS和STRUCTURE的群体遗传结构解析路径，并强调LD衰减分析对标记密度优化的关键作用；详细列出了GWAS四大主流模型（GLM、MLM、FarmCPU、MLMM）与QTL作图的适用场景及
2、联合分析策略；引入LMM、ME-GWAS与XGBoost等多维校正与预测方法以提升关联结果稳定性；在结果应用层面，整合功能注释、WGCNA共表达网络、MAS标记辅助选择及CRISPR/Cas9编辑验证四类技术，实现从统计信号到育种实践的贯通。该规范兼顾科学严谨性与田间可操作性，统一了茶树遗传研究中数据生成、分析建模与成果转化的技术口径，为茶学领域跨单位协作与数据互认提供了权威依据。茶树基因型与表型关联建模技术规范TSDTS 002-2025适用于从事茶树种质资源评价、分子育种、抗逆性机制解析及品质性状遗传改良的科研机构与高校院所；适用于省级及以上农业科学院茶叶研究所、国家及省级茶树种质资源圃、茶树新品种选育企业、生物信息分析服务公司及承担农业农村部重点研发计划中茶树遗传项目的技术团队；同时适用于高等农林院校茶学、植物遗传育种、生物信息学等专业的研究生教学与实验课程设计，可作为基因型-表型关联分析实操培训的技术蓝本。该规范不适用于非茶属植物或其他作物的关联分析，亦不替代GB/T 1.1规定的通用标准化文件编制规则，其技术参数与工具链配置专为茶树二倍体基因组特征（3.0 Gb）、多年生木本生长周期及多环境栽培特性而定制。
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